Obecnie obowiązujące przepisy ograniczają możliwość sprawowania skutecznego nadzoru nad służbami specjalnymi przez Prezesa Rady Ministrów. Premier pozbawiony jest ważnych instrumentów nadzoru m.in.: pełnej wiedzy na temat procedur wewnętrznych obowiązujących w służbach specjalnych, albo kontroli poprawności działań operacyjno-rozpoznawczych w konkretnych sprawach. W istocie więc ustawodawca zobowiązał Premiera do nadzoru nad służbami specjalnymi, dając mu ograniczone możliwości zweryfikowania przekazywanych przez służby informacji co do treści oraz sposobu ich uzyskania. Taki stan prawny powoduje, że w wielu obszarach służby specjalne, pozbawione zewnętrznego cywilnego nadzoru, kontrolują same siebie.
Funkcję organu opiniodawczo-doradczego w sprawach programowania, nadzorowania i koordynowania działalności służb specjalnych sprawuje Kolegium do Spraw Służb Specjalnych. NIK stwierdziła, że podejmowane przez Przewodniczącego Kolegium (Premiera) w trakcie posiedzeń decyzje, w formie poleceń kierowanych do szefów służb specjalnych, organów administracji i członków Kolegium, odnoszące się do obszarów działania tych podmiotów, w znacznym stopniu nie były następnie weryfikowane, bo nie pozwalały na to obowiązujące przepisy. Zdaniem Izby brak systemowego rozwiązania służącego monitorowaniu stopnia realizacji ocen i opinii Kolegium jak również decyzji Przewodniczącego Kolegium, pozbawia te organy możliwości bieżącej analizy wykorzystania zajętych przez Kolegium stanowisk oraz ich przydatności do realizacji zadań przez służby specjalne.
Najwyższa Izba Kontroli zauważa podjęte przez Prezesa Rady Ministrów działania legislacyjne mające na celu reformę służb specjalnych z uwzględnieniem konieczności utworzenia niezależnego organu nadzoru nad służbami specjalnymi i tym samym rozwiązania problemów stwierdzonych podczas kontroli. Wykorzystując ustalenia kontroli Prezes NIK Krzysztof Kwiatkowski zgłosił uwagi do projektu ustawy o Komisji Kontroli Służb Specjalnych. Prezes Izby wyraził nadzieję, że wnioski NIK pomogą w uregulowaniu tak ważnego obszaru funkcjonowania państwa w sposób umożliwiający kontrolowanie i skuteczne nadzorowanie służb specjalnych przez niezależny od nich, zewnętrzny organ.
Szczegółowe wyniki kontroli objęte są tajemnicą państwową.
