Kierownicy kontrolowanych jednostek wywiązywali się z zobowiązań nałożonych przez ustawodawcę i wprowadzili do zarządzania zarówno jednostką organizacyjną, jak i działem administracji rządowej poszczególne elementy budujące system kontroli zarządczej. Jednak mimo ustanowienia i wdrożenia takich elementów systemu kontroli zarządczej, jak ogólne zasady, procedury, instrukcje i określone mechanizmy kontroli, system w wielu przypadkach był nieskuteczny, nie zapewniał bowiem realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy.
Podstawowym problemem w działaniu systemu kontroli zarządczej jest, zdaniem NIK, brak właściwej i spójnej definicji celów i zadań oraz mierników monitorujących stopień ich osiągania, jak również nieprawidłowa metoda przeprowadzania analizy ryzyk związanych z osiąganiem wyznaczonych celów, w tym określenia akceptowanego poziomu zidentyfikowanych ryzyk.
Badania kontrolne wskazały brak informacji niezbędnych do oceny efektywności funkcjonowania stosowanych mechanizmów kontroli zarządczej, co spowodowało odstąpienie od dokonania oceny efektywności.
Ponadto, jak wykazały ustalenia kontroli, kierownicy kontrolowanych jednostek byli wspierani przez czynności audytu wewnętrznego i instytucjonalnej kontroli wewnętrznej. Ich działania miały wpływ na usprawnianie funkcjonowania kontrolowanych jednostek.
